PS Taxonomy Expander を1.1.1にアップデートいたしました。
1.1.1でのアップデートについては、Term orderというメニューが追加されるようになっていて、カテゴリーを含むカスタム分類の順序が指定できるようになりました。（My Category Orderをとても参考にさせていただきました。）
wp_list_categpries、get_categories、get_termsなどのorderbyパラメータでorderと指定すると、変更順にソートされるようになります。
機能一覧、設定方法などは、タクソノミーの使い勝手を劇的に向上させるWordPressプラグイン PS Taxonomy Expanderをご覧下さい。
アップデート・ダウンロードは、PS Taxonomy Expanderの公式プラグインディレクトリからどうぞ。